Seizoen 1

Nina arriveert in het 'House of Anubis' en meteen verdwijnt Joy. Is de verschijning van deze Amerikaanse en de vreemde verdwijning van het superpopulaire meisje niet heel raar? Behalve als je het haar beste vriendin Patricia vraagt is het bijna alsof Joy niet eens heeft bestaan. Buiten dat mysterie is er een enge conciërge met een enge raaf en een zolder waar het waarschijnlijk spookt. Iedereen moet dit huis goed in de gaten houden, want er is duidelijk iets geheimzinnigs aan de hand.

Seizoen 2

De vakantie is voorbij en iedereen komt terug in 'House of Anubis'. Nina haalt 'The Cup' uit zijn verstop plaats en zoekt er een nieuw onderduik adresje voor. Victor kan niet accepteren dat hij ooit zal sterven. Hij komt erachter dat er in de oude bibliotheek het 'boek van Isis' verstopt ligt, maar het boek is verdwenen. Nina bevrijdt per ongeluk de geest van Senkhara uit "The Cup" waarna ze wordt vervloekt. Zij moet nu in een race tegen de klok het masker van Anubis vinden, anders betaalt ze met haar leven. Maar er dreigt gevaar, een mysterieuze man genaamd The Collector zit ook achter het masker aan.

Seizoen 3

Het is weer tieners tegen de leraren als Sibuna moet racen tegen te klok om een eeuwen oude vloek te verslaan en het ontwaken van een groot kwaad te voorkomen. Het Huis Anubis is teruggekeerd, en daarmee een schurk, nog dodelijker dan Anubis die op het punt staat te ontwaken uit een 100 jaar durende slaap. Nu is het aan Fabian en zijn vrienden om Anubis te hervormen en de oude vloek te stoppen voor het te laat is. Maar wanneer zelfs leraren en vrienden niet zijn wie ze werkelijk zijn, wie kunnen ze vertrouwen? Wie is KT? En wie is die Willow? En wat verbergt Miss Denby?